Pirmosios lietuvių gimnazijos pradžia anaiptol nebuvo rožėmis klota. Tuo laikotarpiu jau daugiau nei metai siautė Pirmasis pasaulinis karas, Lietuva buvo okupuota kaizerinės Vokietijos. Daugelis mokyklų karo metais nuniokotos, mokytojai išblaškyti, stigo lėšų.
Būtent šiuo laikotarpiu Vilniuje 1915 m. spalį, pradėjo veikti pirmoji lietuviška gimnazija Rytų Lietuvoje – „J. Basanavičiaus, M. Biržiškos ir P. Gaidelionio Vilniaus lietuvių gimnazijos kurso pamokos“. Įsteigta be jokio oficialaus leidimo, išnuomavus patalpas turtuolio Pimonovo namuose, mokykla pradžioje teturėjo vos 15 mokytojų ir kelias dešimtis mokinių.
Po kelių mėnesių gimnaziją į savo globą perėmė Vilniaus lietuvių švietimo draugija „Rytas“. Nuo 1916 m. vasario 16 d. suteiktas ir naujas pavadinimas – „Ryto“ draugijos Vilniaus lietuvių gimnazija. Netrukus ši mokykla tapo svarbiu tautinio švietimo židiniu. Vienas gimnazijos įkūrėjų ir pirmasis jos direktorius, profesorius Mykolas Biržiška rašė: „Įsteigta karo metu Vilniaus gimnazija buvo subūrusi aplink save žymias lietuvių šviesuomenės jėgas, kurios buvo savo krašte pasilikusios darbuotis“.
Jau pradžioje tarp gimnazijos steigėjų ir darbuotojų matome daugelį mūsų kraštą garsinusių asmenų. Tai būsimieji Lietuvos prezidentai ir Vasario 16 akto signatarai – Antanas Smetona, Aleksandras Stulginskis, signataras ir mokslininkas Mykolas Biržiška, vyskupas, politikas Mečislovas Reinys, grafikas ir dailės istorikas Paulius Galaunė, dailininkas Antanas Žmuidzinavičius bei kitos iškilios Nepriklausomos Lietuvos asmenybės.
Atkūrus Lietuvos valstybę, mokykla tapo pavaldi Švietimo ministerijai. Karas baigėsi, grįžo pabėgėliai, tad mokinių skaičius greitai augo. Mokykla perkelta į erdvias patalpas Jurgio prospekte (dabar Lietuvos muzikos ir teatro akademijos I rūmai, Gedimino pr. 42). Atskiriant berniukų ir mergaičių ugdymą reorganizuota į Pirmąją vyrų ir mergaičių gimnazijas.
Lenkijai užėmus Vilnių ir Vilniaus kraštą, nebeliko svajonių apie tolesnę plėtrą, teko kovoti už galimybę išlikti. Mergaičių gimnazija buvo uždaryta, o berniukų gimnazijai nurodyta pakeisti pavadinimą ir išsikraustyti iš patalpų. 1921 m. rugpjūčio 22 d. Pedagogų tarybos posėdžio sprendimu gimnazijai suteiktas Vytauto Didžiojo vardas. Tų pačių metų spalio mėnesį gimnazija ir mokytojų seminarija buvo brutaliai tiesiog išvaryta iš savo patalpų. Netekusią patalpų ir mokymo priemonių mokyklą priglaudė žydų realinė gimnazija Arklių gatvėje. Nepaisant represijų, mokinių skaičius gimnazijoje tik didėjo. Pavyzdžiui, 1921-22 mokslo metais mokykloje veikė 19 klasių, mokėsi 497 mokiniai.
Į ištremto gimnazijos direktoriaus M. Biržiškos vietą išrenkamas rašytojas, dramaturgas ir pedagogas Marcelinas Šikšnys. Mokyklos direktoriumi jis išbuvo iki 1939 m. M. Šikšnio vadovaujamoje gimnazijoje buvo rengiami lietuvių muzikos bei Lietuvos istorijos vakarai, dainuojamos lietuvių liaudies dainos. Direktorius rūpinosi kievienu mokiniu, patardavo, ką jiems studijuoti, o baigusius studijas kvietė atgal į mokyklą dirbti mokytojais. Net ir veikdama itin nepalankiomis sąlygomis gimnazija dirbo Lietuvos labui, ugdė ateities kartas.
To meto žurnalistas P. Vilkas Vilniaus krašto savaitraštyje „Jaunimo kelias“ teigė, jog „gimnazija iš savo sienų išleidžia gerai paruošto gyveniman ir išlavinto jaunimo, ne iš kur kitur, tik iš jos sienų yra beveik visi mūsų liaudies švietėjai – tie naujųjų laikų knygnešiai ir mūsų tautiškojo kaimo jaunimo ramsčiai…“
1939 m. mokymo įstaiga vėl padalinta. Tuomečio švietimo ministro Leono Bistro įsakymu B. Nr. 63 mergaitės perkeltos mokytis į kunigaikštienės Birutės gimnaziją, šiandien žinomą Salomėjos Nėries gimnazijos vardu. Berniukai liko mokytis Vytauto Didžiojo vardu pavadintoje įstaigoje. Vėliau šių mokyklų istorija klostėsi atskirai.
1940 m. sovietams okupavus Lietuvą, režimas skaudžiai kirto visai tautinės mokyklos švietimo sistemai. Jaunimą ugdyti ir auklėti nurodyta komunistine-stalinistine dvasia. Nebuvo nei kalbos, kad mūsų mokykla galėtų vadintis didžio valdovo vardu. Berniukų gimnazija pervadinta į I-ąją vidurinę.
Nacistinei Vokietijai užpuolus Sovietų sąjungą, raudonuosius okupantus netruko pakeisti nacistinės ideologijos šlovintojai. Mokyklos patalpos panaudotos karo reikmėms, tad naujieji mokslo metai prasidėjo glaudžiantis paskolintose patalpose. Net ir karo audrose mokinių skaičius nemažėjo ir toliau perkopdavo 400 mokinių ribą. Vietos čia rasdavo ir Vilniaus krašto tautinių mažumų atstovai, mat nacistinė valdžia uždarė visas tautinių mažumų mokyklas. Mokinių mažėti ėmė tik 1944-aisiais naciams pradėjus prievarta gaudyti gimnazistus darbams į Vokietiją.
Antrosios sovietinės okupacijos pradžioje mokykla buvo perkelta į ankstesnes patalpas (Didžioji g. 32), 1949 m. reorganizuota ir pervadinta Vilniaus I-ąja vidurine mokykla.
Beveik dešimtmetį mokykloje mokėsi tik berniukai, kol 1954 m. Lietuvos TSR Ministrų Taryba priėmė nutarimą dėl mišrių klasių steigimo. Jau tų pačių metų rugsėjį ir mūsų mokyklos mokiniai pradėjo darbą mišriose klasėse. Tuo laiku mokinių skaičius perkopė 900, dirbo daugiau kaip 50 mokytojų.
Vilniaus I-osios vidurinės mokyklos mokytojai ir mokiniai palaikė šiltus ryšius su žymiu rašytoju Antanu Žukausku – Vienuoliu. Visų pirma mokyklos lituanistės Bronės Katinienės iniciatyva vyko susirašinėjimas, rengti susitikimai, kur mokiniai rašytojui pristatydavo savo kūrybos eilėraščius, prozos bandymus. Pasirodžius rašytojo romanui „Puodžiūnkiemis“, mokyklos mokiniai vieni pirmųjų pasikvietę rašytoją surengė romano aptarimą. Artimas ir šiltas tarpusavio bendravimas nulėmė, jog I-osios vidurinės mokyklos bendruomenė kreipėsi į švietimo ministeriją su prašymu suteikti ugdymo įstaigai garbaus rašytojo vardą. Pastangos nenuėjo veltui: 1957 m. gruodžio 14 d. Lietuvos TSR švietimo ministro įsakymu Vilniaus I-ajai vidurinei mokyklai suteiktas Antano Vienuolio vardas.
Kruopštaus ir atsakingo pedagogų darbo, puikių mokinių rezultatų dėka, mūsų mokykla garsėjo, augo jos prestižas. Ne vienas mokytojas gavo LTSR nusipelnusio mokytojo vardą ar net tokius tuo metu garbingus apdovanojimus, kaip Lenino ir Darbo raudonosios vėliavos ordinai. Sovietmečiu mokytojų R. Balaišio, J. Terespolskio, J. Viščakienės matematikai ne kartą užmdavo prizines vietas Lietuvos ir Sovietų Sąjungos mokinių olimpiadose. Galima drąsiai teigti, jog Antano Vienuolio mokykla tapo prestižine mokymo įstaiga.
Atkūrus nepriklausomybę, 1999 m. mūsų mokyklai suteiktas gimnazijos statusas. Toliau išlaikyta aukšta mokslo kokybės kartelė. Tačiau tuo metu dviem pamainomis dirbančioje mokykloje būtinai reikėjo remonto. Laiko ir didžiulio mokinių srauto iškankinti koridoriai bei kabinetai, byrančios lubos, vietomis kiauras stogas ir perpučiami langai, tokia buvo prestižinės gimnazijos realybė.
Klasių auklėtojai ir mokinių tėveliai savo lėšomis atnaujindavo kai kuriuos kabinetus, kad mokytis taptų jaukiau ir saugiau, tačiau reikėjo didesnių investicijų. Tuo tarpu didžioji dalis lėšų, skirtų mokyklai, buvo nukreipiamos į užsitęsusias naujo gimnazijos pastato statybas. 2005 rugsėjo 1 d. gimnazija buvo reorganizuota į Antano Vienuolio pagrindinę mokyklą ir Vytauto Didžiojo gimnaziją. Gimnazistai sugužėjo į naujos gimnazijos klases, o istorinio pastato pagrindinės mokyklos mokiniai į kapitalinio remonto reikalaujančią mokyklą. Bendruomenė, o ypač vadovė Donata Klimkevičienė nenuleido rankų ir visomis išgalėmis stengėsi atnaujinti mokyklą tiek iš vidaus, tiek iš išorės. Jos iniciatyva pavyko išrūpinti savivaldybės leidimą ir Europos Sąjungos paramą kapitalinei mokyklos išorės renovacijai. 2012 metais pradėtas fasado kapitalinis remontas. Mokykla tarsi atgimė iš naujo: pakeista stogo danga, langai, apšiltintos sienos. Pasipuošėme modernesne, šiuos laikus atitinkančia išvaizda, tačiau kartu galima atpažinti, jog tai ta pati A. Vienuolio mokykla. Laikui bėgant pakeista elektros instaliacija, atnaujintos mokymosi ir pagalbinės patalpos. Visus darbus sunku ir išvardinti, juolab, kad jie tęsiasi iki šiol. Nuolat puošiamės ir gražėjame, stengiamės, kad mokymo ir mokymosi aplinka būtų kuo patrauklesnė.
Mūsų mokykla turi kuo didžiuotis įvairiose veiklos srityse. Kartu nepamirštame, jog turime nesustoti, nepaskęsti kasdienybės rutinoje, ieškoti, kuo dar galėtume praturtinti ugdymo procesą, papuošti aplinką, paįvairinti neformalųjį ugdymą ir kitas paslaugų sritis. Didžiuojamės, jog mokykla nuo 2015-ųjų jau progimnazija, tai dar viena paskata judėti pirmyn. Tad puoselėkime žymaus rašytojo atminimą ir didžiuokimės mūsų mokykla bei jos garbinga praeitimi!